Fondata da Luca Wadding nel primo quarto del 1600, se ne hanno notizie ufficiali nel 1638, anno a cui risale la bolla di Papa Urbano VIII che, sotto la pena di scomunica, vietava l'alienazione dei volumi. 

La biblioteca, ai tempi del suo fondatore, raccoglieva sicuramente i testi che Wadding utilizzava nel suo lavoro quotidiano, materiale quindi fondamentalmente storico, visto che si dedicò per oltre 20 anni alla stesura di una delle opere per cui è maggiormente famoso: gli Annales Ordinis Minorum (1625-1654), la storia dell'Ordine Francescano a partire dalle sue origini. Ma insieme a Wadding vissero e lavorarono nel Collegio S. Isidoro altri eminenti esponenti degli studi storici e filosofici. Come un suo nipote, figlio di una sorella, Bonaventura Baron (1610 – 18 March 1696), lettore di teologia a S. Isidoro, che fu anche commissario provinciale dell'ordine in Ungheria (1656) e infine storiografo ufficiale del granduca di Toscana Cosimo de' Medici (1676). Baron è autore di varie opere di filosofia, di storia, di agiografia, ecc., diverse edizioni delle quali sono conservate in questa biblioteca. O come Francis Harold, un altro nipote, anch'esso irlandese, francescano e storico. Egli fu per qualche tempo professore di teologia all'Irish College di Praga e poi venne a Roma dove trascorse tutta la sua vita nel Collegio S. Isidoro ricoprendo l'incarico di bibliotecario. Nel 1662 pubblicò l'Epitome degli Annales che proseguì estendendoli dal 1208 al 1540 e includendovi una vita del Wadding che dedicò al Cardinale Francesco Barberini.

A testimonianza del periodo fervido di studi rimane nell'Aula Maxima del Collegio, l'affresco dipinto, tra il 1672 ed il 1701, da fra’ Emanuele da Como che ritrae Wadding e i suoi compagni a lavoro nella biblioteca. Quattro frati seduti al tavolo principale hanno in mano la prima edizione completa degli scritti di Duns Scoto; sono da sinistra: Bonaventura Baron, Anthony Hickey, che insegnò lo Scotismo in diverse parti d'Europa, John Punch e in fine Luca Wadding stesso. Alle spalle del fondatore, seduto ad un banchetto, è raffigurato forse Francis Harold e dietro, sulla scala, un altro frate sembrerebbe essere un Wadding giovane intento a lavorare fra i libri.

Nel corso dei secoli la biblioteca ha continuato a raccogliere testi che erano strumentali all'attività, non tanto più di ricerca e di divulgazione del sapere, ma piuttosto, di formazione dei giovani frati: si aggiungono dunque, alle originarie raccolte di storia, teologia e filosofia, cospique sezioni di volumi di patristica, di sacra scrittura, di diritto canonico, di arte.

Oggi la Biblioteca Wadding è una biblioteca di conservazione specialistica e specializzata in filosofia, religione (sacra scrittura, teologia dogmatica, teologia morale, diritto canonico, storia della Chiesa, francescanesimo, patristica, agiografia), storia e arte. E’ presente anche una sezione irlandese.

 Il patrimonio librario è costituito da circa 25.500 volumi suddivisi tra manoscritti, libri antichi e libri moderni, tendenzialmente editi entro il 1900 ad eccezione dei libri che, pur pubblicati dopo il 1900, hanno una certa rilevanza o perché rarità, o perché inerenti le discipline di specializzazione della biblioteca o in quanto strumenti di sussidio per lo studio e la consultazione.

La biblioteca, a scaffale aperto, è organizzata, a partire dal 1948, secondo la Classificazione Decimale Dewey.