El Pontificio Colegio Pío Brasileño, erecto entre 1929 y 1933, fue inaugurado en 3 de abril de 1934. Comenzó a funcionar en condiciones compatibles con las exigencias propias de la época. La preocupación de la dirección del Colegio era facilitar las clases en la Pontificia Universidad Gregoriana, en el período de la mañana; y por la tarde, una parte del tiempo era destinada a la formación espiritual y otra, orientada a la llamadas aulas de repetición o refuerzo, desarrolladas en el propio Colegio, bajo la supervisión di un profesor, llamado repetidor. Ese profesor, sirviéndose de los manuales elaborados por la propia Universidad, estudiaba con los seminaristas los contenidos de las aulas oídas, en la parte de la mañana, de modo que casi non había mayor necesidad de una biblioteca actualizada en la propia estructura donde los jóvenes residían.

La infraestructura del Colegio era bastante precaria, careciendo la casa de muebles y otras instalaciones básicas. Con todas esas carencias, se hacía difícil pensar en crear una verdadera biblioteca; por eso, la idea se fue posponiendo en el tiempo.
Pero, gradualmente, y en la medida en que los cursos de los seminaristas se volvían más exigentes, el Colegio comenzó a invertir en la compra de algunos libros más especializados, para permitir la profundización de los temas estudiados en las aulas de la universidad. Esos libros se conservaban en una sala común de libre acceso, para que pudiesen ser consultados por los alumnos, de acuerdo con sus necesidades e intereses, en los tiempos por ellos disponibles.

En el inicio de los años 60, con recursos provenientes de bienhechores suizos, en área adyacente a la ala central, se construyó la Capilla de Nuestra Señora Aparecida, tal como era previsto en el proyecto inicial del Colegio. Con eso, se destinó a la biblioteca en formación el espacio anteriormente usado para las celebraciones eucarísticas. A partir de ese momento, disponiendo de un amplio espacio y ante los requerimientos derivados de la creciente y diversificada especialización de los alumnos, todos ahora sacerdotes, frecuentando cursos de Licencia e Doctorado, en varias universidades eclesiásticas, la Biblioteca comenzó a crecer en ritmo más acelerado.

En la década de 70, se dio el impulso definitivo al mejoramiento de la Biblioteca. Se escogió el sistema de clasificación: CDD (Dewey Decimal Classification), adaptado a una colección de libros de pequeñas proporciones, como el del PCPB. Se detalló solamente los campos del saber que interesaban más a los usuarios, o sea, las materias del campo humanista, principalmente biblia, teología, patrística, espiritualidad, pastoral, historia de la Iglesia, filosofía, sociología, sicología, e literatura luso-brasileña. Por la primera vez se nominó un sacerdote jesuita para el cargo específico de «bibliotecario» y se formó un equipo de alumnos para fichar e arreglar los libros. En 1974 fue contratado un funcionario laico para dar continuidad al trabajo y se envió, por la primera vez, un pedido de ayuda a Adveniat para la compra de obras especializadas en los diversos campos de interés de los alumnos. Este pedido continúa a ser hecho hasta el día de hoy. 

En 2005 se comenzó la informatización de la colección y hoy, 2008, se puede decir terminado el trabajo con la introducción en Internet del catálogo que podrá ser libremente utilizado por los usuarios. Hoy, la Biblioteca del Pontificio Colegio Pío Brasileño tiene cerca de 50.000 volúmenes e 100 suscripciones de periódicos especializados, teniéndose en cuenta las áreas de estudio más solicitadas en los diferentes Ateneos y Universidades Pontificias.